هدف اصلی در درمان ریشه تمیز کردن کانال دندان است. لیزر می تواند برای استریل کردن مجموعه کانال اصلی یا کانالهای فرعی دندان استفاده شود. کاربرد لیزرهای Diode,Nd:YAG و Er:YAG با اثربخشی متفاوت برای این منظور پیشنهاد شده است. البته برای این منظور کانال باید به شکل استاندارد توسط فایل آماده شود تا مسیر برای ورود فیبر حداقل ۲۰۰ میکرونی لیزر باز گردد.
اخیرا مطالعات آزمایشگاهی به ارزیابی لیزر اربیوم جهت انجام shaping کانال پرداخته اند که این مطالعات نتایج امیدوار کننده به نظر میرسد.